Các tướng lĩnh và sĩ quan cấp cao của Quân đội bị cáo buộc bị đưa ra trước Tòa án Danh dự Quân sự để bị tước quân tịch. Tòa án này không được phép nghe người sĩ quan tự biện hộ, mà chỉ hành động dựa trên "chứng cứ" do Mật vụ cung cấp. Sau đó, các bị cáo được đưa ra bị xét xử ở Tòa án Nhân dân do SS giật dây. Phán quyết của tòa án này không được quyền kháng cáo, và các phiên xử thường là kín.

Việc thi hành án tử hình thường được thực hiện ngay ngày hôm sau theo cách thức lột trần tử tội cho đến eo, tròng vào cổ họ một thòng lọng bằng sợi dây dương cầm và buộc vào cái móc treo thịt ở phía trên đầu.

Tướng Friedrich Fromm không thoát án tử hình dù đã có động thái chống nhóm âm mưu. Himmler ra lệnh bắt giữ ông ngày hôm sau, đưa ông ra Tòa án Nhân dân vào tháng 2/1945 với tội danh "hèn nhát." Theo một nhân chứng, ông tỏ ra rất cay đắng vì đã "lập công" cho Quốc xã. Có lẽ để công nhận ông đã giúp cứu nguy cho chế độ Quốc xã, ông không bị treo cổ như những người khác mà bị xử bắn ngày 19/3/1945.

Cũng nhân dịp này, Hitler và Himmler xử lý luôn những người không trực tiếp tham gia vào vụ nổ bom ám sát nhưng bị nghi ngờ dính dáng ít nhiều đến phong trào chống đối. Lấy ví dụ những trường hợp này là Thống chế lừng danh Erwin Rommel bị bức tử, Bá tước Helmuth von Moltke cầm đầu Nhóm Kreisau (chỉ soạn chương trình cho nước Đức sau khi lật đổ Hitler nhưng không muốn ám sát Hitler) bị hành quyết, TS. Jens Peter Jessen (giáo sư kinh tế học tại Đại học Berlin) bị hành quyết, Tướng Halder, TS. Schacht và Thượng tướng Alexander von Falkenhausen (chỉ huy quân quản Bỉ và bắc Pháp) bị đưa vào trại tập trung cho đến khi được Đồng minh giải cứu lúc gần kết thúc chiến tranh.

Nhiều sĩ quan Quân đội dính líu vào âm mưu thà tự xử hơn là chịu ra trước Tòa án Nhân dân, như Tướng Henning von Tresckow. Tướng Heinrich von Stülpnagel (chỉ huy ban quân quản Pháp) cũng tự tử nhưng không chết, rồi bị hành quyết ngày 30/8/1944. Thống chế von Kluge, (Tổng Tư lệnh Mặt trận miền Tây) tự tử sau khi bị thay thế bới Thống chế Walther Model và biết đã bị Hitler nghi ngờ.